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生物有机肥含有微生物菌群，菌群环境适应性好，易于发挥菌群优势。营养功能好，肥效高。含有机养分、无机养分，体积小，施用方便。
有机肥的肥效是由有益微生物的肥效和有机肥的肥效共同作用产生的，改良土壤结构有机肥是较好的土壤改良剂，可以使土壤团粒结构的形成和土壤物理形态的改良主要在于非毛管空隙度增加，大水稳性团粒增加，土壤结构改良，同时土壤通气。
有机肥含有作物生长所需的养分。特点一是有机质吸附量大，营养成分不易流失；其次，易被作物吸收利用。施用有机肥不但可以补充土壤养分，还可以从土壤中提取养分吸收的营养元素得以再生，减少了土壤养分的不足。有机肥分解产生的一些有机酸或有机物团与铁、铝螯合或络合，从而减少土壤对磷的固定；
各种有机肥都有丰富的有机质，为土壤微生物提供了养分和能源，加速了微生物的生长和繁殖，不但增加了它们的数量，在有机质矿化、营养元素积累、腐殖质合成等方面起着重要的作用。在微生物的作用下，有机养分不断分解转化为植物能吸收利用的养分，也能释放一些固定在土壤中的养分。微生物分解含磷化合物，使土壤固定磷释放。
1.调理土壤，激活土壤中的微生物活性速率，克服土壤板结，增加土壤透气性。减少水分流失和蒸发少，减轻干旱压力，保肥，减轻盐碱危害，减少化肥用量或者逐步替代化肥，提高土壤肥力，搞粮食作物、经济作物、蔬菜、瓜果水果产量大大增加。提高农产品质量，果色鲜艳，果头整齐，成熟度集中，结果多。产品含糖量和维生素含量提高，口感好，有利于扩大出口，提高售价。使作物茎秆粗壮，叶片深绿色，开花提前，座果率高，果实商品化，果实提早上市。增强作物的抗病性和抗逆性，减少连作带来的病害和土传病害，减少发病率；对防治花叶病、黑胫病、炭疽病等有很好的效果。同时还能增强作物对不利环境综合防御能力。随着化肥施用量的减少，农产品中硝酸盐含量也相应降低。
2.营养元素齐全，可以改善土壤和因使用化肥造成的土壤板结。改善土壤的理化性质，增强土壤保水、保肥、供肥能力。生物有机肥中的有益微生物进入土壤后和土壤中的微生物相互形成共生增殖关系，抑制有害菌的生长，转化为有益菌。相互影响，相互促进，发挥群体的协同作用。有益菌在生长繁殖过程中产生了大量代谢物，促进有机物的分解和转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质。促进和调节作物生长。提高土壤孔隙度、渗透性和交换性，提高植物成活率，增加有益细菌和土壤微生物和种群。同时，作物根系中形成的优势有益菌可以抑制有害病原菌的繁殖和增加作物抗逆性、抗病性，可降低连作作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
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