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如果连续三个月申报为0，税务系统可能会提示企业自查该员工是否已离职等情况。
如果是离职的，应尽早从人员采集中改为“非正常”，而不是长期做0申报。因为长期零申报可能会对公司产生一定影响，例如可能引起税务部门的关注或调查。个体户业主和个独的投资人从特定时间起不能再申报工资薪金，而只能报经营所得。这可能是因为这两类人的收入结构和纳税方式与其他纳税人有所不同。
个体工商户纳税标准：
1、销售商品的缴纳3%增值税，提供服务的缴纳5%营业税；
2、同时按缴纳的增值税和营业税之和缴纳城建税、教育费附加；
3、还有就是缴纳2%左右的个人所得税；
4、如果月收入在5000元以下的，是免征增值税或营业税，城建税、教育费附加也免征；
5、税务部门对个体工商户一般都实行定期定额办法执行，也就说会按区域、地段、面积、设备等核定给你一个月应缴纳税款的额度。
综上所述，体工商户可以开发票，需要满足一定的条件才能够到税务机关代开增值税专用发票，任何单位和个人不得有为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票的行为，个体户开发票需要到办税服务厅申请代开发票，经主管税务机关审核后，发放发票领购簿。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第十五条
企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当自收到申报之日起三十日内审核并发给税务登记证件。
法律分析：公司没有给员工申报个税会受到处罚，根据中华人民共和国税收征收管理法 ，第六十九条，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。根据国家税务的相关规定，个人所得税每个月都需要进行系统申报的。那作为企业这种情况下该如何申报：
1.登录金税三期个人所得税申报软件。
2.点击“人员登记”加，录入老板或法人的人员信息。
3.点击“报表填写”扣缴所得税报告表正常工资薪金，点击填写。
4.点击“添加”，输入要生成零工资的人员姓名后回车，会自动带出详细信息，收入额默认为0，点击保存。
5.点击申报表报送，会提示生成申报数据，再点上方的“发送申报” 插入CA证书，输入网税系统密码，发送成功后系统会自动获取反馈。
6.反馈提示“申报成功”就完成申报了。
个人所得税是调整征税机关与自然人之间，在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。 个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。在有些国家，个人所得税是主体税种，在财政收入中占较大比重，对经济亦有较大影响。
在中国，个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。2018年8月31日，修改个人所得税法的决定通过，基本减除费用标准调至每月5000元。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》 第三十二条 纳税人在纳税期内没有应纳税款的,也应当按照规定办理纳税申报.无论是否有收入,都需要按月申报个人所得税果当月没有工资收入,可以进行零申报.
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